L'équipe réserve de l'AJ Auxerre, connue sous le nom d'Auxerre II, évolue en National 2, le quatrième niveau du football français. Elle est dirigée par Jean-Marc Furlan.

L'équipe réserve de l'AJ Auxerre a été créée en 1976. Elle a évolué en Division 3 de 1978 à 1993, puis en National 2 depuis 1993. Elle a remporté le championnat de National 2 en 1983 et 1991.

L'équipe réserve de l'AJ Auxerre a disputé 13 saisons en National 2, pour un bilan de 240 victoires, 199 nuls et 227 défaites. Elle a inscrit 857 buts et en a encaissé 823.

L'équipe réserve de l'AJ Auxerre a connu plusieurs joueurs qui ont ensuite évolué en équipe première, notamment Stéphane Guivarc'h, Djibril Cissé, Philippe Mexès et Eric Cantona.