Le FC Aluston-Yubk a été fondé en 1936 sous le nom d'Avangard Alushta. Il a connu des succès dans les divisions inférieures soviétiques, remportant le championnat de la RSFSR en 1967.
Après la dissolution de l'Union soviétique, l'équipe a rejoint la troisième division russe. Elle a connu des difficultés financières au début des années 2000, entraînant la perte de son statut professionnel.
En 2014, l'équipe a été rebaptisée FC Aluston-Yubk et a retrouvé son statut professionnel. Elle a depuis gravi les échelons des divisions russes, atteignant la troisième division en 2020.
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