FC Einheit Wernigerode est un club de football allemand basé à Wernigerode, en Saxe-Anhalt. Le club a été fondé en 1948 sous le nom de SG Einheit Wernigerode et a changé son nom en FC Einheit Wernigerode en 1990. Le club joue ses matchs à domicile au Sportforum Wernigerode.
Le FC Einheit Wernigerode a évolué dans les ligues inférieures du football allemand. Le club a remporté le championnat de Saxe-Anhalt en 1994 et 2000, et a participé à la Coupe d'Allemagne en 1994-1995 et 2000-2001.
Le club entretient une rivalité avec le 1. FC Magdeburg, autre club de Saxe-Anhalt.
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